Этот вид деятельности также относится к одной из основных задач ООПТ и, прежде всего, именно заповедников. Он включает мониторинг и специальные научные исследования. На территории заповедников ведутся прикладные и фундаментальные научные исследования в различных отраслях науки, направленные на изучение природных комплексов и объектов и долговременное слежение за динамикой природных и антропогенных процессов для оценки общей экологической обстановки в конкретном регионе. В них же разрабатываются основы охраны природы, сохранения ландшафтного и биологического разнообразия, воспроизводства природных ресурсов и предотвращения ущерба экосистемам заповедника при различных видах деятельности, осуществляемых за его границами.

Особым направлением исследований является организация мониторинга, направленного на сбор информации о состоянии природных экосистем и отдельных видов, а также их динамики во времени. Наша работа позволяет решить ряд очень важных текущих задач, связанных с организацией оптимальной охраны и рационального использования природных ресурсов на соседних участках. Несмотря на большую площадь, экосистемы заповедника не замкнуты и идёт постоянный обмен между группировками животных на его территории и смежных районов. В частности, он является крупным резерватом для соболя. В годы депрессии численности его выселения за пределы заповедника отсутствуют. Однако уже на фазах роста и стабилизации численности на высоком уровне (перед пиком) за пределы заповедника уходит до 1000 зверьков. В экстремальных ситуациях, обычно следующих сразу за годом максимального обилия, территорию заповедника покидает не менее 1500-1800 соболей.

Следовательно, заповедник играет значительную роль в стабилизации пушных заготовок соседних территорий. По своей сути, окружающие его территории играют роль вакуума, который постоянно заполняется выселяющимися с охраняемой территории зверьками. Таким образом, заповедники являются крупными воспроизводственными регионами, где соболь сохраняет естественную, не нарушенную экологическую структуру, позволяющую ему в срок 2-3 года восстановить численность до оптимальной.

Несколько иная ситуация складывается с копытными животными данного региона. Благоприятные условия для их обитания складываются только в летнее-осенний период и в малоснежные зимы. В годы, когда снежный покров высок, они вынуждены покидать заповедник ещё в начале зимы. В такие сезоны их смертность резко повышается из-за неумеренной охоты. Единственным выходом из данного положения является создание вокруг заповедника охранной зоны, куда будут включены все основные места зимовок этих животных.

Собственный научный штат заповедника, несмотря на небольшой штат, активно публикует собранные материалы и в ряде случаев имеет достаточно серьёзные результаты, которые докладывались на Всероссийских, Международных и заграничных конференциях, конгрессах и симпозиумах. Ежегодно к таким мероприятиям готовится 12-13 докладов, многие сотрудники подают материалы на несколько конференций, и публикуется от 40 до 86 работ. С момента организации, научным отделом заповедника опубликовано 4 выпуска собственных трудов. В последнее пятилетие Байкало-Ленский заповедник входит в пятёрку лучших заповедников России.