Организация заповедника имеет достаточно большую историю. Ещё во второй половине 50-х годов ХХ века энтузиасты заповедного дела зоолог О.К. Гусев, биолог, член-корреспондент РАН Г.И. Галазий и председатель Байкальской комиссии Географического общества СССР, географ В.В. Ламакин предложили заповедать не только участки восточного побережья Байкала и Ушканьи острова, но и участок на западном побережье озера – от мыса Рытого до мыса Котельниковский. По предложению О.К. Гусева, заповедник предпологалось назвать «Берег бурых медведей». И действительно, численность этого вида в летнее время здесь была очень высока Гусев, 1956; 1964; 1990).

В 60-е годы, после ряда правительственных постановлений, касающихся, в частности, охраны озера Байкал, М.Т. Григорьевым и Э.М. Леонтьевым (Иркутское управление охотничье-промыслового хозяйства Главохоты РСФСР) было внесено предложение об организации заповедника в истоках Лены и Киренги, которое было поддержано Иркутским облисполкомом. Однако, тогда решение данного вопроса было отложено.

В середине 70-х годов, когда начали строить Байкало-Амурскую магистраль, резко возросло антропогенное воздействие на прилежащие к ней территории. В этот период начались работы по организации Витимского заповедника. Многие специалисты (Л.И. Малышев, Ф.Р. Штильмарк) предлагали тогда организовать вместо Витимского более актуальный – Байкало-Ленский, но данная инициатива не была поддержана облисполкомом. И только в 1984 г. Начались работы по целевому проектированию.

Проектирование заповедника осуществлялось Западно-Сибирской проектно-изыскательной экспедицией главохоты РСФСР под руководством А.С. Александрова совместно с Биологическим институтом СО АН СССР. Научным руководителем работ был сотрудник института, зоолог Ю.Г. Швецов. Кроме того, в них принимали участие сотрудники ряда научных учреждений Иркутска: Лимнологического института, ИГУ, Восточно-Сибирского отделения ВНИИОЗ, Байкальского заповедника, а также работники управлений охотничьего и лесного хозяйства, картографии и ряд других специалистов. В процессе проектирования и в первые годы деятельности заповедника, возникало множество конфликтов, связанных с отводом лесных и сельскохозяйственных угодий. До сих пор, несмотря на подготовленные материалы, не удалось создать охранную зону вокруг заповедника.

В заповеднике имеются три участка: «Берег бурых медведей», Верхне-Ленский и Киренгский. В декабре 1996 г. Байкало-Ленский заповедник (наряду с Баргузинским и Байкальским) был включен в список участков Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО.