Байкало-Ленский заповедник занимает площадь 659,9 тыс. га и расположен на обоих макросклонах Байкальского хребта.

Охранная зона в заповеднике отсутствует.

Акватория озера Байкал в состав заповедника не входит. Горная система заповедника (южная треть Байкальского хребта), представляет крайнюю северо-западную гряду Саяно-Байкальской горно-складчатой области. При относительно небольших высотах – 1500-2200 м. н.у.м. здесь очень ярко выражены альпийские черты рельефа. Данная территория входит в зону повышенной сейсмичности. У оси главного хребта в районах мыса Покойного и Кедровых наблюдаются следы древнейшего (докембрийского) вулканизма – крупные палеовулканы возрастом 1560-1710 млн. лет.

Разные макросклоны этой части Байкальского хребта отличаются резко выраженной ассиметричностью. Восточный макросклон очень крутой и местами обрывается в Байкал. Осевая линия хребта нередко проходит на расстоянии 2-4 км. от побережья озера. Западный макросклон, напротив, очень пологий, постепенно переходящий из горной области в плоскогорье. Большинство мысов на побережье Байкала – конусы выноса небольших ручьёв и речек. Самый большой из них – м. Рытый.