Одной из основных задач в заповеднике является организация охраны его территории. В настоящее время эта задача чрезвычайно актуальна. В связи с интенсивным освоением прилежащих территорий, преимущественно лесных ресурсов (деловой древесины), на его границах концентрируется достаточно много людей. В тёплое время года сильно возрос поток туристов, значительная часть которых путешествует «дикарями». В связи с этим, большое число нарушений является непреднамеренным. Кроме того, тяжёлое материальное положение сельских жителей зачастую толкает их на умышленное браконьерство. Для предотвращения подобных явлений необходимо постоянное присутствие на обходах государственных инспекторов заповедника.

Однако, наибольший вред природным экосистемам наносят технически хорошо оснащённые любители охоты. В настоящее время в Прибайкалье быстро накапливается опыт использования парапланов для незаконной охоты на копытных с воздуха. Имея вездеходный транспорт, эта категория браконьеров может осваивать самые отдалённые и труднодоступные участки. В результате все охотничьи угодья, прилегающие к заповеднику, интенсивно осваиваются. Бывали случаи, что браконьеры попадали на территорию заповедника с помощью вертолёта.

Пользуясь особенностями рельефа и отсутствием быстроходного транспорта у работников охраны заповедника, нарушители, под прикрытием далеко выдающихся в Байкал мысов, имеют возможность высаживаться на берег или заниматься охотой с фарой. К сожалению, современная законодательная база проработана очень плохо и для «людей с деньгами» имеется много возможностей уйти от ответственности. Заповедник, по своей сути постоянно находится «в осаде», а имеющиеся материально-технические средства, зачастую сильно отстающие по своим техническим свойствам от браконьерских, не позволяют вести более эффективную борьбу с нарушителями. Тем не менее, ежегодно составляется от 4 до 11 протоколов, в основном на побережье Байкала.

Другой важной работой службы охраны заповедника является борьба с лесными пожарами. Несмотря на удалённую местность и отсутствие человека, пожары на его территории – самое обычное явление. Основная их причина – сухие грозы. Иногда пожары приходят в заповедник с соседних территорий. В последние годы потери от них заметно возросли. Основная причина этого в том, что из-за высокой стоимости для борьбы с этим бедствием перестали использовать авиацию. В результате, для того, чтобы добраться до очага возгорания на лошадях, уходит много времени и пожар, набрав силу, становится неуправляемым.

Потому с каждым годом всё актуальнее становится вопрос о создании вокруг заповедника специальной охранной зоны. Однако, до сегодняшнего дня все попытки решить данный вопрос остаются безуспешными. Байкало-Ленский заповедник своими силами разработал проект и несколько раз выходил с предложения в администрацию Иркутской области. Надеемся, что Правительство области, понимая, что охранная зона – единственная мера снижения чрезмерного охотничьего пресса и нерационального использования природных ресурсов на территориях, прилегающих к Байкало-Ленскому заповеднику, всё же окажет нам необходимое содействие.